近日，国家重点实验室林木分子改良研究团队（柳参奎教授团队）在《The Plant Journal》（中科院1区，IF=6.417）发表题为“Role of lncRNAs in cis- and trans-regulatory responses to salt inPopulus trichocarpa”的研究论文。研究结果揭示了杨树中lncRNA顺式和反式调节基因表达，并提供了一个长期盐诱导Ptlinc-NAC72的例子，该例子在盐胁迫中可能具有潜在重要作用。

长链非编码RNA (lncRNA) 日益被发现，是多种生物过程中的多功能调节因子。然而，关于它们在盐胁迫下对基因表达的顺式和反式调节作用的了解仍较少。在本研究中，研究团队做到了：（1）使用来自毛果杨叶、茎和根的27个RNA-seq 数据集，确定了2988个高置信度 lncRNA，包括1183个盐诱导的差异表达的 lncRNA。其中，301个lncRNA有可能主要通过顺式调节方式而不是通过共转录方式正调控其相邻基因。（2）共表达网络确定了六个引人注目的盐相关模块，共有个基因，包括426个lncRNA，并且在这些lncRNA 序列中，DNA/RNA结合基序被富集。这表明lncRNA可能通过反式调节方式促进盐相关模块的远距离基因表达。（3）发现了30个具有同时顺式和反式调节盐响应同源基因的潜力的 lncRNA。Ptlinc-NAC72，是特异性在长期盐胁迫下诱导的，被筛选验证其对同源物PtNAC72.A和PtNAC72.B (PtNAC72.A/B)表达和功能。（4）Ptlinc-NAC72的瞬时转化实验、Ptlinc-NAC72和PtNAC72.A/B启动子的双荧光素酶实验证实，Ptlinc-NAC72可以直接上调PtNAC72.A/B表达。进一步证明，调节作用可能是由Ptlinc-NAC72识别PtNAC72.A/B 5' UTR中的串联元件 (GAAAAA) 介导的。同时，Ptlinc-NAC72的过表达在盐胁迫下表现出过敏表型。

该研究由林木分子改良研究团队完成，国家重点实验室为第一单位和通讯作者单位，博士研究生叶晓雪、博士后王朔为共同第一作者，吴文武教授、柳参奎教授为共同通讯作者。该研究得到了国家自然基金、浙江省重点研发专项、国家重点实验室自主研究课题等项目资助。

全文链接：https://doi-org.blk.80599.net/10.1111/tpj.15714

（国家重点实验室）